1. Latvijas dabas resursu izpēte, to racionāla izmantošana, vides un ekoloģijas problēmas, dabas aizsardzība.

Laboratorijas:
         Bioindikācijas
         Botānikas
         Eksperimentālās entomoloģijas
         Ģeobotānikas
         Hidrobioloģijas
         Jūras ekoloģijas
         Ornitoloģijas

2. Augu un dzīvnieku dzīvības norišu un bioloģiskās produktivitātes izpēte.

Laboratorijas:     
        Augu ģenētikas
        Augu minerālās barošanās 
        Hidrobiontu bioķīmijas 
        Dzīvnieku bioķīmijas un fizioloģijas
        Magnetobioloģijas
Pētniecības grupa: 
        Genomikas un bioinformātikas
    

Institūtā atrodas arī Latvijas Gredzenošanas centrs, Latvijas herbārijs, Augu kaitēkļu populāciju bioloģisko aģentu kolekcija un liela Entomoloģiskā kolekcija. Institūtam ir vairākas pētniecības bāzes: Engures Ornitoloģisko pētījumu centrs, Papes Ornitoloģiskā stacija, Kalnāju Ornitoloģiskā stacija un Nacionālā ilgtermiņa ekoloģisko pētījumu tīkla Mazsalacas stacija,  kas organizētas un intensīvi izmantojamas institūta zinātniekiem un studentiem. Šīs stacijas izmanto gan LU studenti, gan arī pētnieki no citām valstīm.
     Institūta darbinieku skaits pārsniedz 110. Apmēram trešā daļa ir pētnieki ar doktora grādu. Institūtam ir sadarbība Latvijas Universitāti. Vairāki no institūta vadošajiem zinātniekiem ir Latvijas Universitātes Bioloģijas un Ģeogrāfijas un Zemes zinātņu fakultātes profesori un mācību spēki. Aptuveni desmit studenti katru gadu iesaistās projektos un izstrādā savus bakalaura, maģistra un promocijas darbus. Institūts veic pētījumus 17 Latvijas Zinātnes Padomes projektos, kā arī iesaistās dažādos Eiropas Savienības finansētajos projektos kā „Life”, „Osmosis”, ES  Ietvara programmā, un Cost akcijās. Institūts piedalās vairākās Valsts vides monitoringa programmās. Kopš 2004.gada institūts ir galvenais koordinators nacionālā ilgtermiņa ekoloģisko pētījumu tīklā, kas ir daļa no Starptautiskā ilgtermiņa ekoloģijas izpētes tīkla (ILTER).    1977.gadā institūts publicēja pirmo Latvijas Sarkanās grāmatas izdevumu. Jaunākais pabeigtais sešu sējumu Latvijas Sarkanās grāmatas izdevums (galvenais redaktors prof. G. Andrušaitis) sagatavots latviešu un angļu valodā ar projekta „Life” līdzdalību kopš deviņdesmito gadu vidus.