Bioloģisko sēklu audzēšanas pamatprincips ir uzturēt augu veselību ar profilaktiskiem pasākumiem, piemēram, izmantojot piemērotas sugas un šķirnes, kas ir izturīgas pret slimībām un kaitēkļiem, izvēloties piemērotu augu seku, mehāniskas un fiziskas metodes, kā arī kaitēkļu bioloģisko ienaidnieku aizsardzību.